Résumé : Rien ne va plus pour Isaac. À bord du vaisseau pirate sur lequel il a embarqué, les hommes s'entretuent avec sauvagerie. Jean Mainbasse, le chef des flibustiers, est jeté à la mer. Voilà Isaac transformé en médecin du bord, chargé de tenir entre ses mains de peintre le sort des malheureux blessés, amputant celui-ci, opérant celui-là. On l'enferme à fond de cale, d'où on ne le tire que pour lui confier, non pas ses habituels pinceaux, mais des instruments de chirurgie. Il en sortira hagard et titubant pour apprendre que le nouveau commandant du navire, un certain Le Fer, est passé de vie à trépas voilà déjà plusieurs jours. Mais ses aventures ne font que commencer. Bientôt, il sera recueilli sur un navire en route pour San Pedro. À terre, il s'en échappera pour rejoindre Clotilde, cette délicieuse jeune fille qu'il avait rencontrée dans le premier tome de ses pérégrinations. Pendant ce temps-là, en France, sa fiancée Alice finit par céder au charme de Philippe du Chemin Vert.